中醫透藥療法作為中醫外治的一種重要手段，其理論基礎深深植根于中醫的基本理論之中。
中醫理論，即中醫基礎理論，簡稱“中基”，是以天人合一的整體理念與辨證論治、相似觀（分形觀）的循證觀點為較大特色的傳統醫學體系的基礎與核心。
它全面系統地闡述了人體的生理、病理現象，并用于指導臨床診療活動。
中醫基礎理論的學說主要包括陰陽五行學說、臟象五系統學說、氣血精津液神學說等。
陰陽學說認為，人體是一個陰陽對立的統一體，陰陽的對立制約、互根互用及轉化關系維持著人體的動態平衡。
五行學說則將自然界的某些事物或現象按“木、火、土、金、水”五類屬性進行歸納，用以闡釋人體局部與局部、局部與整體、體表與內臟的有機聯系。
臟象五系統學說，即心、肝、脾、肺、腎五大系統，是中醫對人體生理結構和功能的高度概括。
每個系統都涵蓋了相應的臟腑、組織、器官及其生理功能，并通過經絡縱橫廣泛地分布，以貫通內外上下，運行氣血津液，滋養并調節各組織器官的活動。
例如，心系統主血脈，推動和調控血液在脈管中運行，流注全身；肺系統主氣，司呼吸，朝百脈，主治節；脾系統主運化，統血，為后天之本；肝系統主疏泄，藏血，調暢氣機；腎系統主藏精，主水，主納氣，為先天之本。
氣血精津液神學說則進一步闡述了人體生命活動的基本物質及其相互關系。
氣是構成人體和維持人體生命活動的較基本物質，具有推動、溫煦、防御、固攝、氣化等作用。
血是循行于脈中而富有營養的紅色液態物質，是構成人體和維持人體生命活動的基本物質之一。
精是構成人體和維持人體生命活動的精微物質，包括先天之精和后天之精。
津液是機體一切正常水液的總稱，包括各臟腑形體官竅的內在液體及其正常的分泌物。
神則是人體生命活動的主宰和總體體現。
中醫透藥療法正是基于這些中醫基本理論，通過藥物作用于人體特定穴位或患處，達到調整陰陽、疏通經絡、調和氣血、扶正祛邪的目的，從而治療疾病和保健養生。